同业存单和债券的区别主要是：
1、发行主体不同：同业存单的发行主体是存款类金融机构，债券的发行主体是政府、金融机构、企业或公司等。
2、发行对象不同：同业存单的发行对象是全国银行间同业拆借市场成员、基金管理公司及基金类产品，债券的发行对象是个人。
3、两者的性质不同：同业存单是同业存款的替代品，属于一种定期存款凭证。债券是一种金融契约，属于有价证券。
但是，虽然同业存单是存款类金融机构在全国银行间市场上发行的记账式定期存款凭证,不属于债券，两者和利率相关度是一样的，所以会出现波动差不多的情况。